El Club Mercantil se fundó el 7 de marzo de 2008 en Ushuaia, capital de la provincia de Tierra del Fuego. Disputó por primera vez un torneo de AFA en 2015, cuando clasificó al Federal C de ese año.
Tuvo una digna participación, quedando tercero de la zona en su debut absoluto, con dos triunfos (ambos ante Deportivo Victoria de Río Grande) un empate visitando a Lasserre y tres derrotas (recibiendo a estos últimos y en su doble cruce ante Camioneros de Río Grande).
Nueve años después, volverá a tener acción de nivel nacional, tras acceder al Regional Amateur 2024-25.
