El 5 de abril de 1930, en la zona del populoso barrio de la plaza Moreno, un conjunto de muchachos entusiastas y emprendedores, simpatizantes del Club Atlético Independiente, de Avellaneda, sentaron las bases fundacionales del Club Atlético Independiente, de la ciudad de Chivilcoy. La primera comisión directiva, estuvo presidida por Francisco Umbriano. Tiempo después, en 1936, principalmente a raíz de serios y graves problemas económicos, que no pudieron resolverse en forma satisfactoria, la entidad se disolvió, y cuatro años más tarde, el 19 de septiembre de 1940, volvió a reorganizarse, bajo la presidencia de Don Pedro De Vicenzi. Posteriormente, fijó su sede en el sector geográfico de la plaza Belgrano, en un inmueble ubicado en la intersección de las calles Gral. Pinto y Coronel Brandsen. El citado edificio se adquirió en el año 1962.
Dentro del plano futbolístico, tras afiliarse a la Liga Chivilcoyana, comenzó a militar en la división de ascenso, y se consagró campeón de esta categoría en 1941. En 1956 se adjudicó el certamen de primera división de la Liga Chivilcoyana, y reiteró su triunfo en el campeonato del año 1958. Su trayectoria en el tiempo, sus victorias deportivas, y su progreso y gran desarrollo institucional, han hecho de él una entidad pujante y destacada en la historia social y comunitaria del partido de Chivilcoy.
El club fue invitado al Torneo Federal A 2014 y, desde entonces, forma parte de las divisiones de ascenso de Asociación del Fútbol Argentino. En esa primera participación no pudo mantener la categoría y descendió al Torneo Federal B.
ndependiente tuvo una campaña ideal en el Torneo Federal B 2016 quedando segundo en la Zona A de la Región Pampeana Norte, clasificando así a la segunda fase de la competición. Luchando por el segundo ascenso al Federal A, por los cuartos de final derrota por un global de 3 a 0 a Belgrano (San Nicolas); en semifinales eliminó a Camioneros por un global de 2 a 1 pero en la final cayó frente a Estudiantes de Río Cuarto por un global de 2 a 1. Es hasta la fecha la mejor campaña del Rojo de Chivilcoy en el Federal B.
En la temporada 2017 tuvo un gran comienzo en el torneo y compitió junto a Camineros por los dos lugares que otorgaba la zona 6 para la siguiente ronda del torneo Federal B.
