El club se fundó el 1 de enero de 1917, después de la primera Asamblea realizada en la forrajería de los señores Jurjo y Cobiella, frente a la Lechería Gallardón. Oficializada la constitución del Club, se estipuló una cuota de $1 para los primeros socios o adherentes. La primera Comisión Directiva estuvo integrada por Eduardo Gallardón, Adolfo Langet (quien era capitán del equipo) y Marcos Panizzi. Los tres cumplían la doble finalidad de directivos y deportistas.
De esa primera Comisión Directiva surgieron las primeras autoridades. Langet fue presidente solo durante 22 días, porque renunció alegando motivos laborales. En una nota dirigida a don Eduardo Gallardón, el 22 de enero de 1917 explicaba: "(...) También te diré que me es imposible continuar siendo presidente del Los Andes Foot-ball Club (...) pues tengo que trabajar a la mañana y a la tarde, pero no por eso los voy a olvidar, lo mismo me pasa con la revista y los artículos, porque entre ir al escritorio y al colegio se me pasa el tiempo que es un gusto".
Los primeros colores de la camiseta surgieron de José Gogenola, protagonista de los primeros picados contra el Racing Club de Avellaneda. La camiseta era de color celeste con una amplia banda blanca horizontal. Otras fuentes también refieren que el equipo vistió una camiseta amarilla con un globo en la parte izquierda, que identificaba el primer sello del Club.
En 1921, se adoptaron los colores rojo y blanco a rayas verticales, gracias a los cuales se apodaría al equipo como "el de las mil rayitas". Esta camiseta fue diseñada por don Eduardo Gallardón, quien en un reportaje del Diario La Prensa en 1971 comentaba: "Al comienzo de siglo, Sportivo Barracas era el único club que tenía en los colores de su camiseta bandas verticales angostas, azules y blancas. Me gustaron y cuando llegó el momento de buscar una para Los Andes, imité la característica pero con colores rojos y blancos. ¿Por qué rojo? En razón de que Banfield, de la misma zona, tenía ya el verde y Temperley el celeste...".
El primer partido ante otro rival se disputó el 31 de julio de 1916, pero resultó una categórica derrota frente al club Fomentos Peligrosos por 5 a 2. El histórico plantel estuvo integrado por Diego Urioste; Amoroso y Antonio Tagliani; Crespo, Aboitiz y Eduardo Gallardón; Alberto Gallardón, Federico Galán, José Gogenola, E. A. Langet y Marcos Panizzi. Sin embargo, allí mismo apalabraron a algunos de los jugadores adversarios, que luego pasarían a defender los colores de Los Andes. Entre ellos estaban Laureano González y Montovan (notables back de aquellos potreros), Juan Benci, Julio Ricagno, Julio Regacci y Carlos Titonell. Ya conformado el nuevo equipo, se realizaron varios amistosos con los clubes Adelante Yrigoyen (3-0, goles de Langet 2 y Panizzi) Yrigoyen-Luna, El Combate, Escuela 26 y Hércules, entre otros, donde Los Andes consolidó sus pretensiones.
La primera cancha estaba situada aproximadamente en la manzana comprendida por las calles Lamadrid, Pedernera, Viamonte y Arenales, ya que en aquellos tiempos todo era un inmenso baldío. Allí levantaron una casilla precaria con los cajones de embalaje de los autos de marca Buick. Esta primera casilla o vestuario fue adquirido gracias a 150 pesos donados por Pedro Gallardón. El terreno fue alquilado con el dinero de los propios jugadores, con préstamos extraordinarios y con la venta de rifas y kermeses.
Los Andes se afilió el 22 de febrero de 1922 a la Asociación Argentina de Football, que luego de fusionarse con la Asociación Amateur en 1926 conformó la Asociación del Fútbol Argentino.
Ese mismo año obtuvo el ascenso a Intermedia de la Asociación Argentina de Football por su ubicación privilegiada en su zona, luego de la victoria 2 a 1 ante el Club A. Moreno, de Puente Alsina. Los goles milrayitas fueron convertidos por Spink y Sabino Tito.
Los Andes tuvo su segundo estadio en Matheu y Arenales de Lomas de Zamora, el primero estaba ubicado en la manzana delimitada por las calles Pueyrredón, Lamadrid, Viamonte y Pedernera, en el lado este del partido.
De esta mudanza comenzaría la rivalidad con Banfield, ya que la cancha alquilada por Los Andes, situada en Arenales y Matheu, quedaba a solo tres cuadras de la de Banfield, ubicada en Arenales y Peña.
En 1925 el club compró el terreno de la manzana comprendida entre las calles Díaz Vélez, Olazábal, Gorriti, y Loria (a estas dos últimas daban sus espaldas los arcos) y levantó la nueva cancha.
El 26 de abril de 1931 fue inaugurado el nuevo campo de deportes, ubicado en Laprida al 1200 (actual Plaza Libertad). Para la época era un estadio coqueto con palcos de madera y vestuarios. El principal material utilizado para la construcción era la madera de las cajas utilizadas para embalar automóviles, que, según Eduardo Gallardón, era fuerte, noble y barata. Este campo de deportes fue alquilado a nombre de don Eduardo Gallardón y Juan De Grazia, por no tener el club personería jurídica
Se realizaron grandes festejos para la inauguración, con suelta de palomas, pruebas de carreras pedestres de 100, 1000 y 4000 metros y postas de 4 por 100. También se realizó un encuentro de básquet entre Los Andes y Lomas Alumni, en el que el Milrayitas se impuso por 28 tantos contra 13. La fiesta se cerró con dos encuentros amistosos entre el dueño de casa y el Nacional de Adrogué. En el encuentro principal Los Andes se impuso por 1 a 0, con un gol convertido por Villén a los 35 minutos del segundo tiempo.
Las formaciones de Los Andes fueron las siguientes:
Intermedia: Bordoli, Varela y Cheli; Peña, Seijo y Brandoni; C. Mora, Villén, Gallezi, Maclosky y C. Rodríguez. Reserva: Scalizi; Burisi y Bedoya; Vega, Moro y Giardino; Ferreyra, Salvatore, Villén, Davico y Palamara. Básquet: A. Frers, C. Frers, F. Caimari, A. Bastín y S. Berreta.
Luego de la fusión de la Liga y la Asociación Argentina en 1934, Los Andes descendió por "escritorio", debiendo comenzar la era profesional en Tercera División. Tras campañas mediocres en 1935 y 1936 y perder la final ante Acassuso en 1937, el único objetivo del club era volver a la segunda categoría del fútbol argentino. Para eso, se armó de la mejor manera y a la base del subcampeón le agregó elementos con pasado en Primera, tales los casos de: García, Frers, Edwards, Da Graca y Ríos.
La campaña fue extraordinaria. Sobre 15 partidos jugados, fueron 14 victorias y 1 sola derrota. Hubo varias goleadas increíbles: 7-0 a Deportivo Progresista, 8-1 a Central Argentino, 9-3 a Nueva Chicago y 7-1 a Ramsar. La única caída, 0-2 visitando a Justo José de Urquiza, se produjo en la penúltima fecha cuando el título ya estaba asegurado. Con 28 puntos sobre 30 posibles (93,33%), es el equipo más efectivo en la historia del club. La figura estelar fue Manuel Da Graca, considerado para muchos el primer gran ídolo del club.
En el año 1940, se dio inicio a la construcción del Estadio Eduardo Gallardón, aunque sería originalmente denominado como: Estadio de Los Andes o Estadio Albirrojo. El estadio tenía una tribuna de cemento de 16 escalones, a la que posteriormente se le agregaron en la parte central otros 16 para construirse las plateas.
El 7 de diciembre de 1957, Los Andes se consagró campeón de la segunda división de ascenso al finalizar el campeonato, aunque se había asegurado el puesto en la penúltima fecha, y volvió a la Primera B (a tres años del descenso). El empate contra Acassuso en un tanto, en el Estadio de Los Andes, fue la excusa para la celebración del título y su consiguiente vuelta olímpica. Disputó el torneo hasta último momento contra Defensores de Belgrano y Barracas Central, que fueron los equipos que lo escoltaron y que junto al equipo de Lomas de Zamora sacaron marcadas diferencias sobre el resto de los equipos.
Bajo la dirección técnica de Armando Vázquez, el Milrayitas armó un buen conjunto, en el que defensa y ataque conformaron un bloque sólido y combinó jóvenes promesas con experimentados jugadores. El capitán del equipo fue el zaguero Perfecto Seijo, que tuvo asistencia perfecta disputando todos los partidos del torneo, y el goleador fue Ángel Del Moro con 19 tantos, seguido de Francisco Ricagno con 17 goles. El resto de los jugadores que conformaron este rico plantel fueron: José Borgatello, Roberto Riendzus, Héctor Abril, Lucas Soldo, Servando Llera, Antonio Barta, Walter Marrone, Agustín de la O, Julio Zavatto, Orlando Pellegrino, Norberto Bazzano, Héctor Collins, Luis Landi, Manuel Araujo y Alfredo Benavídez.
En 1960 se logró el pico más alto de la historia del club: el ascenso a Primera División, que se obtuvo frente a Talleres de Remedios de Escalada por 2 a 1 con goles de Migone a los 33 minutos del primer tiempo y de Baiocco a los 25 minutos del complemento.
Ese plantel estuvo integrado por: León Goldbaum, Ramón R. Salas, Héctor O. Abril, José R. Giaimo, Rodolfo O. Romero, Osvaldo J. Diez, Dardo D. Migone, Ángel R. Reynoso, Urbe J. Farías, Miguel A. Baiocco, Héctor W. Pedutto, Norberto E. Figueroa. Jugaron También Rodríguez, Del Felice, Capelo y Koladjian. El director técnico era José O. Curti y el preparador físico Rufino Ojeda.
Luego de aquella histórica primera incursión en la máxima categoría del fútbol argentino, se produjo un defasaje que no pudo superarse hasta 1967. La vuelta al fútbol grande fue dramática. Los viejos hinchas del "Milra" nunca olvidaran la angustiante clasificación de ese año.
Abel Da Graca, hijo de Manuel y padre de Hernan, fue el héroe de aquel equipo, siendo el máximo artillero y asistente de ese año. El equipo de 1967 tenía a Barbosa, Cardacci, Bulgeroni, Pallares, Verteiko, Gianella, Scianda, Pereyra, Zárate, Abel Da Graca y Cobian, Jim Lópes fue el director técnico.
Ya de vuelta en Primera durante 1968, Los Andes obtuvo grandes triunfos. El más recordado es un 3 a 1 frente a River en el Monumental, donde se impuso con 2 goles de Obberti y uno de Villagra: el DT era Don Angel Tulio Zof.
Aquel partido fue televisado y los seis primeros de cada zona clasificaban para el Campeonato Nacional. Finalmente el objetivo se logró en Lomas, tras un empate 1-1 con gol de Obberti, de penal, convertido nada menos que a Amadeo Carrizo. Ese año Obberti fue el goleador del torneo con 13 tantos.
1968 seguramente fue el año más importante en la historia futbolística de Los Andes, dado que se clasificó sexto en la zona "A" y logró el derecho a participar en el Campeonato Nacional, relegando a Chacarita.
Durante el siguiente año el equipo se mantuvo en Primera gracias a las muy buenas actuaciones en los re-clasificatorios, pero en 1971 se produjo el descenso. En ese torneo se dieron algunos resultados muy positivos, aunque insuficientes para mantener la categoría. Durante el desarrollo de la primera rueda Los Andes, no tuvo muchos problemas en la tabla general, al terminar cuarto.
El equipo lomense logró victorias importantes ante Boca Juniors en Lomas, Independiente, San Lorenzo y Huracán. También logró empatar con Racing, que por esos tiempos vivía su época más gloriosa.
El último partido, el del descenso, fue en el estadio de Atlanta, y la derrota por 3 a 0 ante los Bohemios marcó el fin de la segunda incursión en Primera.
Los Andes tuvo campañas entre buenas, muy buenas y aceptables en el ascenso argentino en el primer lustro de la década de 1980´, con planteles que practicaron un fútbol vistoso y entretenido, siempre fue animador de los torneos hasta las instancias definitorias cuando por una u otra razón se quedaba sin chances de ascender. Se destacan especialmente el Campeonato de Primera División B 1983 y el de 1986. En el primero de los nombrados perdió la final del Octogonal por el segundo ascenso ante Chacarita Juniors en dos partidos (0-2 y 3-3), el segundo con serios incidentes en las tribunas; ese torneo lo obtuvo Atlanta. En la otra instancia señalada, cayó en semifinales del reducido ante Huracán (0-1 y 1-3) en un ascenso que obtuvo el Sportivo Italiano. No obstante, por haberse colocado entre los ocho primeros, Los Andes obtuvo la clasificación al nuevo Torneo Nacional "B" que iba a comenzar en agosto de 1986. También se recuerdan las campañas de 1981 (ascendieron Chicago y Quilmes) y 1985 (cayó en cuartos de final con Quilmes, ascendieron Rosario Central y Racing). En la segunda mitad de los 80, Los Andes participaría en los torneos de la Nacional "B" sin mayor figuración, circunstancia que lo llevó al descenso a la Primera "B" Metropolitana en la temporada 1989-1990 (en la que ascendieron Huracán y Lanús).
Los Andes llegó a disputar una final por el ascenso a la B Nacional en 1992. Jugando contra Ituzaingó en el antiguo Estadio de Independiente, ante una multitud de hinchas de Lomas, Los Andes perdió la final por penales contra El Verde.
Dos temporadas más tarde, el Milrayitas llegaría a disputar la final por el ascenso a la B Nacional en 1994, frente al Club Deportivo Armenio.
La final del torneo reducido 1993-1994 de la Primera B arrancó en el Gallardón el 26 de junio de 1994. Los Andes tenía su justa revancha después de dos años. Aquella tarde el público local ocupó la tribuna Horacio Palacios, como ocurre en la actualidad. El equipo de Hugo Zerr venía de eliminar a Defensa y Justicia en la primera fase y al mismísimo Tigre, campeón del torneo Clausura, en Victoria y por penales, en un partido para el infarto.
Armenio, que era filial de San Lorenzo, contaba con jugadores reconocidos en el fútbol de ascenso y luego algunos en Primera División, como Hugo Smaldone, Alex Rodríguez, Rubén Forestello, Carlos Bangert y los tres González, Eduardo, Javier y Adrián (los dos últimos jugaron en el Milrayitas), entre otros. Mientras que Los Andes tenía a Villagrán, Rubén Córdoba, Héctor González, Esteban Fuertes y Orlando Romero, entre otros.
El planteo de ambos equipos fue cauteloso en el primer período y se estudiaron bastante. Pero Hugo Zerr, sacó el as de la manga a los siete minutos del complemento y lo envió a la cancha: Gilmar Gilberto Villagrán. Tan solo pasaron ocho minutos de su ingreso para que convirtiera un gol, tras toque de Esteban Fuertes en un tiro libre y definiera el primer chico.
Una semana después, se disputó la final en Lanús, donde Armenio fue local. Los Andes no dejó acomodar ni al rival, ni al público. Quince segundos bastaron para que Hernán Da Graca, convirtiera y desnivelara para el Milrayitas. A los 31´, Alex Rodríguez convirtió la igualdad, pero Armenio no pudo cambiar la historia. Fue empate, hubo vuelta olímpica para Los Andes y regresó a la B Nacional.
Ya consolidado en la categoría, el conjunto de Lomas de Zamora tuvo la difícil tarea de poder salvarse de los puesto de descenso, con Jorge Ginarte como DT y un plantel de jugadores, entre ellos Gabriel Lobos y Darío Sala. Los Andes no solo logró salvarse del descenso, sino que logró ganar la final por el segundo Ascenso a Primera División venciendo a Quilmes en el Gallardón, 2 a 0, y empatando 1 a 1 en el Estadio Centenario. De esa forma Los Andes regresó a la máxima categoría el 16 de julio del 2000.
El torneo fue dividido en dos zonas, el equipo de Ginarte competiría en la zona metropolitana con otros equipos importantes como Deportivo Español, Huracán, Platense, Nueva Chicago, All Boys e incluso Banfield y Temperley, clásicos rivales de Los Andes.
Los Andes terminó el Campeonato de la Primera B Nacional 1999/2000 en tercer puesto con 63 puntos, en la zona metropolitana, a solo un punto del campeón Huracán. El equipo de Lomas de Zamora jugaría un reducido por el segundo ascenso a la máxima categoría, con Independiente Rivadavia, Almagro y Banfield como rivales. Los Andes logró avanzar a la final del reducido, para terminar jugando contra el Quilmes.
Junto a Los Andes también ascendieron, Huracán (campeón) y Almagro (ganando la promoción a Instituto de Córdoba. En el torneo también descendió a la B Metropolitana, Temperley.
De esa histórica campaña es remarcable el haber logrado el ascenso habiendo estado muy comprometido con el descenso (el plantel se armó para salvarse), perdiendo solo 3 partidos de 34, y siendo el mejor equipo de la categoría. También el que los Andes logró ganarle 2 a 0 al clásico rival de toda la vida, Banfield en la semifinal del reducido, dejándolo en la B Nacional. Curiosamente aquel partido jugado el 1° de julio de 2000 fue la última vez que se enfrentaron ambos equipos en este recordado clásico.
Con la vuelta de Los Andes en la Primera División, el club sufrió una mala campaña, muy comprometido en el promedio, terminando penúltimo en la tabla del Torneo Apertura 2000, y con la renuncia de Ginarte, pese a una destacada victoria ante Racing en el Cilindro por 2 a 1.
Los Andes arrancaría bien el campeonato con 5 partidos sin perder, 3 empates contra Newell's, Belgrano, Almagro, y dos triunfos contra Racing y Huracán. Pero después de una dura derrota de 6 a 0 contra Lanús, Los Andes empezó una mala racha de 7 derrotas consecutivas, volviendo a ganar en la jornada número 13 contra Estudiantes (LP), siendo ese partido el último que ganaría hasta la finalización del torneo. Los Andes terminó en el puesto 19, con 12 puntos y la valla más vencida con 46 goles en contra.
En el Torneo Clausura 2001 Los Andes no logró salvarse y terminó descendiendo, volviendo a la B Nacional pese a haber tenido una mejora del campeonato anterior con la dirección técnica de Miguel Ángel Russo, y con un plantel con mucho recambio, entre ellos el debut de Germán Denis. El "Milrayitas" terminaría el campeonato con 18 puntos.
Las victorias de Los Andes en ese torneo fueron un 2 a 1 contra Lanús, 4 a 2 a Vélez, 4 a 1 a Talleres (C), y 1 a 0 contra Chacarita Juniors.
El último partido de Los Andes fue contra Gimnasia (LP) en un triunfo por 3 a 2, partido que fue suspendido por incidentes en la tribuna "Milrayitas". Cabe señalar que Los Andes en ese torneo fue sancionado con una quita de 3 puntos por antecedentes de violencia.
El club sufriría otro descenso tras regresar en el 2004 a la Primera B. En dicha categoría Los Andes volvería a disputar el clásico con Temperley, ganando el "Milrayitas" en el Gallardón 2 a 1 con goles de Pablo González y Jonatan Maidana. El equipo de Lomas terminaría haciendo una aceptable campaña.
En el año 2006 Los Andes jugó un amistoso en Lomas contra el club colombiano Independiente Santa Fe, donde el conjunto local salió victorioso en un agónico triunfo por 3 a 2.
Por motivo de los 90 años de vida del club, en el 2007 Los Andes disputó un amistoso contra Independiente. En ese mismo partido se inauguró la tribuna Cabecera Sur.
Tras varios años en la Primera B Metropolitana, Los Andes lograría un nuevo ascenso en el 2008. Sería un año especial para el club de Lomas de Zamora, con su regreso a la Primera B Nacional. Con una notable participación en el Campeonato de Primera B 2007-2008. Los Andes hace una gran campaña, cosechando 64 puntos y clasifica al Reducido para el segundo ascenso, debido al que el campeón ya ascendido de manera directa había sido All Boys.
En los cuartos de final, Los Andes logra vencer a Comunicaciones por 3 a 1 en Lomas, pasando a semifinales donde enfrentaría al Deportivo Armenio. En ese partido el "Milrayitas" empata de visitante 0 a 0 y vence 1-0 de local con gol de Jonathan Tridente, y logra pasar a la final del reducido.
La final se disputó entre Los Andes y Sportivo Italiano, el primer partido de ida termina siendo un empate 1 a 1 en el Eduardo Gallardón y con ventaja deportiva para el conjunto del "Tano".
El 16 de junio ambos equipos se vuelven a ver para disputar la vuelta de la serie, esta vez Sportivo Italiano siendo local en el República de Italia. En ese estadio Los Andes vence por 1 a 0 al "Tano" y accede a disputar la promoción para el segundo ascenso a la Primera B Nacional. Los Andes logra el Ascenso al vencer en la promoción a Nueva Chicago, tanto 1 a 0 en la ida en el Gallardón y 2 a 0 en la vuelta en el Estadio Diego Armando Maradona.
El Milrayitas retorna a la Primera B Nacional de la mano del DT Rodolfo Della Picca después de 4 años en la tercera categoría del fútbol argentino. Como figuras del equipo se destacaron: Marcos Britez Ojeda que posteriormente sería vendido a Racing, Jonathan Tridente, Leonardo Luppino, Gonzalo Bustamante, Carlos Yaqué, Gustavo Ruiz Díaz, Darío Ruíz, Leonardo Aguirre, Rodrigo Diaz, Mariano Sardi, entre otros.
La campaña de Los Andes en su retorno a la B Nacional dejó mucho que desear, terminando 16º en la tabla y peleando el descenso. En el 2009 Los Andes vuelve a caer de categoría al perder la promoción con Deportivo Merlo, perdiendo 1 a 0 tanto en la ida como en el partido de vuelta. De esa forma retorna a la Primera B.
En la misma temporada, Los Andes disputaría un amistoso a puertas abiertas frente a la selección de Trinidad y Tobago en el Estadio Eduardo Gallardón. Pese a que el partido no significaba nada más que un compromiso formal con un seleccionado, una gran masa de gente se acercó al estadio para apoyar al equipo.
2010 sería otro año donde se vuelve a repetir una campaña baja para los Andes que no logró pelear los puestos de Ascenso.
En 2011 Los Andes derrota en el Gallardón a Central Córdoba (Rosario) en la promoción y logra salvarse de descender a la Primera C, categoría en la que nunca militó en su historia. De esa pobre campaña se destacó también el Clásico ganado a Temperley por 2 a 1 con un especial gol de Jonathan Tridente.
En el 2012 Los Andes logra llegar a los puestos del Reducido pero no logra pasar la primera fase luego de caer contra Nueva Chicago en Mataderos. Ese mismo año también presenta su renuncia Raúl Cascini por malos resultados y asumiría Felipe De La Riva.
El año 2013 será un año recordado para el hincha de Los Andes ya que en el Clásico contra Temperley que se jugó en el Eduardo Gallardón, más de 20.000 hinchas "Milrayitas" dijeron presente. Partido que no solo se vivió como una fiesta para el simpatizante de Los Andes, sino que es considerado como uno de los partidos de mayor convocatoria de los últimos años de la B Metropolitana. A fines de ese mismo año Los Andes sufre duros castigos por parte de AFA, debido a la interna generada en la barra y la renuncia del presidente de la institución Oscar Ferreyra luego de que su casa había sido baleada, el club de Lomas de Zamora sería castigado con partidos con sólo socios y en días de semana con horarios laborales.
El 17 de febrero del 2014 asume Fabián Nardozza la dirección técnica, a raíz de la renuncia de Felipe De La Riva luego de perder contra Flandria por 4 a 0 de visitante.
Los Andes volvería a dar una vuelta olímpica el 19 de noviembre del año 2014, luego de ganarle 3 a 1 a Almagro en el Eduardo Gallardón, el conjunto de Lomas termina saliendo campeón de la Primera B Metropolitana 2014, como puntero de la Zona B con 41 puntos y logra ascender de forma directa junto con Chacarita, puntero de la Zona A.
Desde los comienzos del torneo Los Andes supo llevar ventaja sobre sus rivales. En una zona donde se encontraban equipos como Deportivo Morón, Platense y Almagro, el "Milrayitas" no tuvo problema en ponerse a la pelea del campeonato. Con su primer partido con victoria 1 a 0 ante Villa San Carlos por la Fecha 1 en el Gallardón empezaría el camino del conjunto de Lomas hacia el tan ansiado ascenso.
Tras quedar libre en la fecha 2, Los Andes volvería a ganar por 1 a 0 al Deportivo Morón en el Nuevo Francisco Urbano, en la fecha 3 Los Andes gana de local contra el Deportivo Armenio por 4 a 0. El equipo sufre una recaída después de conseguir dos empates consecutivos, 1 a 1 tanto de visitante contra Barracas Central en la fecha 4 y Comunicaciones de Local en la fecha 5. No es hasta la fecha 6 donde Los Andes volvería al triunfo al vencer a Platense por 2 a 0 en Vicente López. En la fecha 7 derrota a Acassuso en el Gallardón por 2 a 1, en la fecha 9 por 2 a 0 derrota a UAI Urquiza de visitante, en la fecha 10 Los Andes vuelve a empatar de local, esta vez contra Sportivo Italiano; ese empate se vería compensado con dos victorias de visitantes al hilo, tanto el 1 a 0 contra Almagro en la fecha 11 y 2 a 1 a Villa San Carlos en la fecha 12 ya comenzando la segunda rueda.
El equipo de Fabián Nardozza venía teniendo una racha invicta; luego de quedar libre, en la fecha 14 empató de local 0 a 0 contra el Deportivo Morón, de ahí vendría una victoria por 2 a 0 contra el Deportivo Armenio de visitante en la fecha 15.
Los Andes vuelve a tener dos empates seguidos de vuelta contra Barracas Central por la fecha 16 y Comunicaciones por la fecha 17. En la fecha 18 vence a Platense por 1 a 0 en el Gallardón y se preparara para la fecha 19 donde visitaba a Acassuso, su perseguidor en la punta. Los Andes logra un empate por 2 a 2 contra "Ssuso", importante para el "Milrayitas", no solo porque se pudo remontar un 2 a 0 abajo, sino también que Acassuso venía segundo en la tabla y gracias al empate no logran superar al equipo de Lomas de Zamora en la punta.
En la fecha 20 Los Andes pierde el invicto contra la UAI Urquiza por 2 a 1 en el Gallardón, resultado que afectaría anímicamente al plantel. En la fecha 21 Los Andes visita a Sportivo Italiano con las chances de ascender; sin embargo el equipo de Lomas solo logra un empate 1 a 1. De esta manera esperaría hasta la fecha 21 donde recibe a Almagro para tener otra oportunidad de ascenso. Ya en esa fecha y ante miles de hinchas "Milrayitas" Los Andes empezaría perdiendo 1 a 0 contra el "Tricolor" con gol de Damián Arce, pero los dirigidos de Nardozza logran dar vuelta el resultado con dos goles de Alejandro Noriega y uno de Cristian Soria, siendo triunfo de Los Andes por 3 a 1 y consiguiendo el ascenso a la B Nacional.
En esa campaña se destacaron jugadores como Alejandro Noriega, Maximiliano Gagliardo, Juan Pablo Segovia, Fernando Lorefice, Diego Galeano, Daniel Franco, Diego Cisterna, Ricardo Vera, Gustavo Ruiz Díaz, entre otros bajo la dirección técnica de Fabián Nardozza. Los Andes da la vuelta después de mucho tiempo en el Eduardo Gallardón con su gente y regresa a la B Nacional saliendo campeón ante una gran multitud de hinchas. Hubo miles de festejos en la ciudad de Lomas de Zamora y hasta el día de hoy los simpatizantes del club siguen recordando y festejando con alegría ese ascenso, ya que para Los Andes fue un desahogo después de muchas malas campañas y momentos malos en la institución.
Los Andes disputa la Primera B Nacional, donde en el 2015 logró la mejor campaña de los ascendidos del año pasado y una aceptable participación en la Copa Argentina, pasando por primera vez la fase de Grupo derrotando a Fénix en el Eduardo Gallardón por 2 a 0 con goles de Fernando Lorefice y Diego Galeano; en segunda fase también derrotaría por penales a General Lamadrid en su cancha por 4 a 2, así el "Milrayitas" avanza a la siguiente instancia de la copa donde se enfrentaría a Crucero Del Norte en cancha de Lanús. Ante en una gran multitud de hinchas de Lomas los dirigidos por Nardozza volverían a salir victoriosos por dos goles del juvenil Fernando Gutiérrez, eliminando al equipo misionero por 2 a 0 y pasando por primera vez a los 16avos, en donde Los Andes termina cayendo por penales contra Ferro 4 a 1 luego de un empate 3 a 3 en el Estadio Julio Humberto Grondona. Los Andes queda eliminado sin perder ningún partido de la copa en los 90 minutos.
En el Campeonato de B Nacional 2015 Los Andes termina haciendo una buena campaña de 54 Puntos e incluso llegó a estar en la punta por varias fechas y peleando los puestos de reducido, con victorias importantes en el Gallardón como el 1 a 0 a Chacarita Juniors, el 4 a 1 a Independiente Rivadavia, el 5 a 2 a Douglas Haig y el 1 a 0 a Atlético Tucumán. Mientras que de visitante al equipo de Nardozza le costaba más. destacando la victoria a Juventud Unida (G) por 1 a 0, a Chacarita Juniors por 2 a 1 y el empate con Guillermo Brown por 3 a 3.
Los últimos partidos del "Milrayitas" en el torneo tuvo muchos altibajos, perdiendo así la punta y quedándose afuera del reducido; también se destaca una dura derrota con Atlético Tucumán en el Estadio Monumental José Fierro por 5 a 0, donde el Decano se termina consagrando Campeón.19
El último partido de Los Andes del torneo termina siendo un empate 2 a 2 con Guillermo Brown en el Eduardo Gallardón, logrando con ese empate clasificar a la Copa Argentina 2016.
La mayoría de los partidos de Los Andes de ese campeonato fueron transmitidos por Fútbol para Todos, dónde el Bambino Pons apoda al equipo como "Los Andes de los Milagros" debido a las muchas ocasiones que el equipo logró empatar o dar vuelta un resultado a su favor en momentos complicados.
A fines del 2015 Fabián Nardozza dimite de su cargo como técnico y se despide del club junto con varios jugadores del plantel campeón, su cargo lo ocuparía Felipe De La Riva por segunda vez en 2016.
Ese mismo año Felipe De La Riva presentó su renuncia y Los Andes termina haciendo una campaña floja a pesar de haber llegado a los 30 puntos y de obtener importantes victorias como frente a All Boys en Floresta, Nueva Chicago en Mataderos y Ferro Carril Oeste en Caballito.
Aníbal Biggeri fue el DT luego de la salida de Marcelo Barrera debido a los malos resultados del equipo en el comienzo del Campeonato de Primera B Nacional 2016-17.
Los Andes disputó la Copa Argentina 2016, en la que le gana a Sarmiento de Junín 2 a 1 en el Estadio Julio Humberto Grondona con presencia de miles "Milrayitas" alentando. Ya en los 16avos de final se jugaría un partido más que trascendental para el equipo de Lomas de Zamora contra Estudiantes de La Plata en el Estadio Ciudad de Lanús. Sin dudas un partido que para el hincha y simpatizante de Los Andes fue histórico, ya que se trataba de la vuelta de volver a jugar contra uno de los equipos más grandes de América; a pesar de la derrota donde el "Pincha" termina ganando por 2 a 0 con goles de Lucas Viatri y Lucas Rodríguez, más de 12.000 hinchas de Lomas dijeron presente en la "Fortaleza", siendo elogiados por muchos medios deportivos por la cantidad de gente que llevó para ser un equipo de la Segunda División.
El 5 de diciembre del 2016 Los Andes rindió tributo al club Chapecoense, llevando su escudo en la camiseta que utilizó el "Milrayitas" en el partido contra Argentinos Juniors en el Estadio Diego Armando Maradona por la fecha 18 de la B Nacional, uniéndose a la mayoría de los clubes del mundo que homenajearon al equipo brasileño a raíz del accidente de vuelo en el que falleció casi todo su plantel.
Pese a haberle ganado el 30 de marzo de 2019 el derby al Club Atlético Temperley por 1 a 0, en un Gallardón colmado con más de 30.000 espectadores, el sábado 20 de abril de 2019, Los Andes pierde la categoría luego de una muy mala campaña. Su último partido fue una derrota 3 a 0 de visitante contra Deportivo Morón condenándolo a jugar la Primera B Metropolitana de la temporada 2019-20, siendo este el noveno descenso de la institución.
En todo el torneo pasaron en total 3 técnicos: Gabriel Lobos (en reemplazo de Sergio Rondina), Aníbal Biggeri, y por último Juan Carlos Kopriva.
Cabe destacar que solo se ganaron 4 partidos, se empataron 8 y se perdieron 12, siendo una de las peores campañas de Los Andes en su regreso a la B Nacional.