Madariaga fue fundado oficialmente el 19 de Marzo de 2000, si bien la idea nació el 12 de enero. La institución se afilió a la liga Libreña, donde con el correr del tiempo se convirtió en uno de los protagonistas regulares de dicho certamen.
Luego de 6 años de participación consecutivas el Federal C, dio el salto en la edición del 2016. Tras quedar eliminados en manos de Colegiales de Concordia, el Violeta recibió la invitación por merito deportivo para formar parte del Federal B por primera vez en su historia.