Fue fundado el 22 de octubre de 1892 por iniciativa de un grupo de hombres encabezado por el periodista y escritor Dámaso Valdés. Se reunían en la sede del Club Gimnasia y Esgrima, Calle Comercio (act. Mitre) 283, resultando de sus deliberaciones la fundación del Club de Regatas San Nicolás.
En la primera comisión directiva, que debía redactar el estatuto de la entidad de acuerdo a lo establecido en el acta fundacional, figuraban: Dámaso Valdés (presidente), Rafael Posadas (vicepresidente), Jorge Tucker (capitán), José María Cátala (subcapitán), Federico Gard (tesorero), Apolinario Hurtado (secretario), y los vocales Eduardo Vila, Francisco Pi y Suner, Dr. Julio Rojas, Arturo Nunez, Dr. Rodolfo Cattaneo, Teodoro Garay, Carlos Spongia, Maximiano Vázquez Teodoro Morris. En la época de su fundación, Regatas contaba con 67 socios. La fiesta inaugural se realizó el 2 de febrero de 1893, con un programa de regatas que se integró con seis carreras, en las que compitieron 10 botes. Si bien las regatas, como disciplina deportiva fue la principal preocupación, ya en la primera década de existencia, la natación, bochas, tiro al blanco, esgrima y la cultura física habían ganado su espacio. En 1902 se decidió incorporar a la Unión de Remeros Aficionados. Para entonces el Club de Regatas comenzaba a ser reconocido nacional e internacionalmente.
Quince años avanzado el nuevo siglo, la entidad agregó un nuevo predio al que ya tenía, muy protegido por la barranca ribereña, del cual tomó la fisonomía física actual, junto con un ambicioso proyecto de forestación y construcción de canchas de tenis de polvo de ladrillo.
A su vez, en la faz institucional, podemos decir que hoy el Club de Regatas ha expandido sus actividades a nuevas áreas, y ha incorporado nuevas sedes, como la del ex Club Arco Iris (1991), hoy Sede Calle Rivadavia, y la del Camping de la Asociación de Propietarios de Bienes Raíces, hoy Sede Prado Español (adquirida por fusión con esta entidad).
