Carlos Fernández dio sus primeros pasos en Jorge Newbery de Carmen de Patagones. A los 16 años, estuvo un año completo en Gimnasia y Esgrima La Plata.
Disputó el Torneo del Interior 2014 con Jorge Newbery, mientras que en 2017 lo hizo con Deportivo Patagones. Tras ello, mudó sus dotes a Deportivo Villalonga, con el que participó de tres Regionales Amateur (2021, 2022-23 y 2023-24).