El 7 de septiembre de 1922 fue fundado Villa Acassuso Football Club por un grupo de jóvenes entusiastas de la zona de Villa Acassuso en San Isidro, Provincia de Buenos Aires.
En el año 1923, se consagró campeón de Segunda División (tercer nivel jerárquico) y ascendió a Intermedia. Ese mismo año, el club construye su primer campo de juego gracias a la donación de Don Ernesto de las Carreras de un terreno de 150 por 120 metros en la actualmente llamada Avenida Marquez y Haedo, se construye el primer campo de juego, siendo inaugurado el día 4 de noviembre.
En 1925 cambió el nombre por Club Sportivo Acassuso. En 1926 terminó en el cuarto puesto de la Zona A de División Intermedia pero descendió de categoría producto de la fusión de asociaciones. En 1928 consiguió su segundo título oficial en el campeonato de Intermedia, logrando así el ascenso a Primera División Sección B. Unos años más tarde, en 1932, se fusiona con el Club Sportivo San Isidro y pasa a llamarse Club Social y Sportivo Acassuso.
El club sigue participando en los campeonatos de la Asociación Amateur para darle apoyo a dicha asociación, a pesar de que en 1931 el fútbol argentino se había profesionalizado. Al disolverse la Asociación Amateur de Football en 1935, pasó a disputar los torneos oficiales de esa institución en la Tercera de Ascenso.
En el año 1942 adopta su denominación actual, ya que pasa a llamarse Club Atlético Acassuso y a ser conocido coloquialmente solamente como Acassuso al haber eliminado el Sportivo de su nombre. En 1946 descendió y perdió la cancha, lo que podría haber llevado a una desafiliación, pero consiguió un terreno en avenida de las Carreras y Camino de la Legua que le permitó no correr esa suerte. En 1950 pasó a competir en la Primera D, luego de la reestructuración del fútbol argentino.
En 1953 Acassuso vuelve a la Primera C, a pesar de haber logrado un octavo puesto en el último campeonato. En 1961 desciende nuevamente a la Primera D, y pierde otra vez la cancha, vendiéndose los tablones a Estudiantes de Caseros. Dos años después, en 1963, gracias al aporte de los socios, se construye el natatorio, bajo la presidencia de Carlos Mochi.
El club Acassuso asciende a la "C", luego de ganarle a Central Argentino por 3 a 1 en cancha de Colegiales. En 1972 desciende nuevamente a la Primera D, luego de perder con Sarmiento de Junín. En 1977 obtuvo la cesión temporaria del terreno ubicado en la calle Santa Rita 2401, que en 1983 fue remodelado e inaugurado, denominándolo: Estadio La Quema.
En la temporada 2000/01, el equipo asciende a la Primera C luego de derrotar en la final a Villa San Carlos por 5 a 2 en el estadio de Estudiantes de la Plata. En la ida el encuentro había salido 0 a 1 en un encuentro jugado en la cancha de Chacarita donde Acassuso fue local.
En el 2006, Acassuso gana el torneo Apertura de ese año de la mano de su DT Felipe De la Riva. Acassuso gana el torneo Clausura del 2007, y por haber obtenido también el apertura, asciende en forma directa a la Primera B Metropolitana, categoría en la que juega desde ese año
