En el año 1948, Roberto González y Aldo Hugo Vázquez, vecinos del barrio de Nueva Pompeya, de la ciudad de Buenos Aires, decidieron formar un equipo para disputar los Juegos Nacionales Evita. Vázquez, por entonces de 17 años, jugaba en la divisiones inferiores de River Plate, y a través de Carlos Peucelle, coordinador de las mismas, consiguió el aporte de tres jugadores provenientes de dicho club, entre ellos uno que sería decisivo en los mencionados juegos, Antonio Tusia.
En el momento de decidir el nombre del equipo, inspirados en la recién estrenada película Pelota de trapo (1948), que describía la historia de un equipo de barrio llamado «Sacachispas», decidieron tomar ese nombre.
Finalmente, quedaron eliminados en la semifinal, pero a pesar de ello, el goleador de aquel campeonato fue Antonio Tusia, el joven que había sido cedido de las inferiores de River Plate.
La primera cancha se levantó en Lacarra y Corrales, a seis cuadras de donde se encuentra la actual. Poco después, con estadio propio construido en terrenos cedidos por la Municipalidad de la ciudad por gestión de la Secretaría de la Presidencia de la Nación, en 1952 Sacachispas se oficializó. Tras la formación de una comisión directiva, de la que participó el propio Borocotó, mentor del club, se fijó la fecha de fundación el 17 de octubre de 1948, como agradecimiento a la intercesión de Perón, dada la significación de dicha fecha en la historia del Movimiento Justicialista.
En 1954 la institución obtuvo la afiliación a la Asociación del Fútbol Argentino y, en el primer campeonato que disputó, obtuvo el ascenso a la categoría superior, ganándole la final al Club Deportivo Morón.
Mientras tanto, Vázquez, que había sido cedido por River Plate a distintos clubes, quedó libre de contratación y decidió ir al equipo que él mismo creó y fundó. Allí disputó los campeonatos de 1958, 1959 y 1960 en la Primera División Amateur.
Sacachispas descendió en 1962 a Primera D, un año después volvió a ascender, en 1967 bajó nuevamente, en la temporada 1999-00 obtuvo un nuevo ascenso, en la 2000-01 volvió a la D y en la temporada 2002-03 regresó a la Primera C, categoría en la que se desempeñó durante 14 años.
El 23 de mayo de 2017, Sacachispas eliminó a Arsenal por penales 6 a 5 luego de empatar 1 a 1 en los 90 minutos, clasificando a los dieciseisavos de final de la Copa Argentina en un hecho histórico, ya que fue la primera vez que un equipo de Primera C eliminó a otro de Primera División.
El 9 de junio de 2017, a tres fechas de finalizar el torneo, Sacachispas se consagró campeón del campeonato de Primera C y ascendió a la Primera B por primera vez en su historia, empatando 2 a 2 con Sportivo Dock Sud.
El 18 de diciembre de 2021, Sacachispas asciende por primera vez al Nacional B, segunda categoría del fútbol argentino, luego de empatar 0 a 0 en la ida y 1 a 1 en la vuelta ante Colegiales, en los penales, el Lila ganó 4-2.