En 1928 el empresario algodonero de origen belga Julio Steverlynck establece una fábrica en Jáuregui, perteneciente a la ciudad de Luján, donde trabajaba una gran cantidad de inmigrantes europeos. Estos formaron un equipo de fútbol y disputaron sus primeros partidos contra el club Jauregui Juniors y combinados de Lujan y Mercedes. Durante la llamada "Década Infame" lucían una casaca con franjas verticales bajo el nombre de Flandria. Para 1935, pasó a llamarse Villa Flandria.
El 9 de febrero de 1941, en una reunión extraordinaria de vecinos de Jáuregui en el salón Rerum Novarum, se propuso a la población que la institución agrupe a sus familias mediante actividades culturales y la práctica de deportes. Luego, se designó la primera comisión directiva del club Flandria, presidida por José Delesie, que estaba integrada por los siguientes miembros: Armando Galcerán (Secretario), Abel Etchart (de Actas), Alberto Perazzo (Tesorero) y Norberto Dezarnaud (Pro). Ese mismo año el Club obtendría el título en la Liga Lujanense. Los primeros encuentros de local eran disputados en la cancha Municipal de Luján. Volvió a consagrarse campeón de la Liga Local en 1944.
En 1946 se le concedió la personería jurídica. En 1947 se afilió a la AFA y comenzó a participar de la Tercera de Ascenso. Una vez afiliado a la AFA, en su primer partido oficial Flandria obtiene la victoria, en un cómodo 5 a 3 ante Alumni de Villa Urquiza con goles de Caricatto, Brando, Cabral y Folgueira en dos ocasiones. Caricatto se convertiría así en el autor del primer gol oficial en la historia aurinegra.1
La primera vez que Flandria hizo las veces de local en un torneo oficial AFA fue enfrentando a San Telmo y el encuentro finalizó 1 a 1 con gol de Holvoet. Ese partido se jugó en la cancha del Chano, actual cancha de fútbol infantil del colegio San Luis Gonzaga, que también se encuentra en Jáuregui, la cual reemplazaba al viejo predio emplazado al costado del Teatro Rerum Novarum que se usaba previamente como cancha local. Así en su primera incursión en el fútbol profesional obtuvo 19 puntos en 30 fechas.
En 1952 el Canario se consagra campeón y obtiene el ascenso a la Primera C, donde realiza exitosas campañas en 1953 y 1957 en las que logra el subcampeonato detrás de El Porvenir y Defensores de Belgrano.
En el año 1972 el club obtuvo el ascenso a la Primera Divisional B (segunda categoría de AFA en aquel entonces). El logro llegó merced al subcampeonato obtenido con 57 puntos, a cuatro del campeón Defensores de Belgrano. Pero el segundo lugar no fue en soledad, ya que Sarmiento de Junín logró los mismos puntos y el segundo ascenso debió dirimirse en una verdadera final, jugada el 12 de diciembre de 1972 en el estadio de Ferrocarril Oeste. El canario de Jáuregui, acompañado de una verdadera multitud entre la que se incluía su mentor don Julio Steverlynck, venció 3-1 con dos goles de Nocella y uno de Apariente.
Luego de salvarse del descenso en 1976, al año siguiente conseguiría su mejor campaña histórica. Cuando en 1977 quedó a 8 puntos de ascender a la Primera División. Logró 40 unidades y terminó en la quinta posición. Dos años después, en 1979 y tras terminar en el último puesto, el club retornó a la Primera C.
La década de 1980 fue una década sumamente magra deportivamente, salvo los años 1983 y 1985, donde el equipo ingresó al reducido, pero sin éxito.
A principios de la década de 1990 el club pasa por sus peores horas en lo institucional, tras la convocatoria y cierre de la Algodonera, el club no tuvo asegurada su supervivencia y caminó por un tiempo en la cornisa de la quiebra y la desafiliación. No obstante, en lo deportivo las campañas son aceptables para la mantenerse en la cuarta categoría. Ingresa al reducido en las Temporadas 1994/95, 1995/96 y 1996/97.
En 1998 volvió a la B Metropolitana, tras ser campeón del Torneo Clausura 1998 y ganar las finales ante Ituzaingó con un contundente resultado global de 5-0. La primera temporada en la nueva categoría lo encuentra haciendo un aceptable Apertura (22 puntos en 17 PJ) y desmejora en el Clausura (19 puntos en 17 PJ). No obstante el desempeño le permite cerrar la temporada 1998-99 en 13° lugar de 18 equipos con 41 puntos, y con relativa comodidad respecto a los promedios.
En la 1999-00 el equipo de Santorelli se transforma en la sorpresa del certamen. Con una gran regularidad, termina 4° con 53 unidades en 34 PJ (13 PG, 14 PE, 7 PP). El equipo termina a solo 7 unidades del ganador del torneo, aunque en el reducido la ilusión queda trunca rápidamente: caída sin atenuantes 0-3 ante Defensores de Belgrano a pesar de tener la localía y la ventaja. En 2000-01 termina 17° con 34 unidades en 38 PJ. A pesar de ser una floja campaña, el buen trabajo de la temporada anterior le otorga tranquilidad respecto al descenso
En la temporada 2001-02 volvió a estar en instancias definitorias para el ascenso a la B Nacional: logró acceder al reducido de ascenso tras un 9° puesto, perdiendo contra Sportivo Italiano en octavos de final. En 2002-03 termina en los puestos de abajo, 18° con 38 puntos en 36 PJ. En 2003-04 logra mejorar su campaña de dos años atrás, llegando en el 6° puesto con 71 puntos en 42 PJ, pero por el formato de la competición no disputa ninguna instancia definitoria.
De allí en adelante el equipo no pudo repetir buenos rendimientos en la categoría, deambulando alternativamente entre la mitad de la tabla y la pelea por la permanencia: fue 18° con 37 puntos en 40 PJ en la 2004-05, 15° con 43 puntos en 34 PJ en la 2005-06, 18° con 46 puntos (22 Apertura y 24 Clausura) en 42 PJ en la 2006-07 y 14° con 49 puntos en 40 PJ en la 2007-08. La temporada 2008-09 dejó al canario en la 14.ª posición, manteniéndose alejado del descenso. La siguiente temporada halló a un Flandria en problemas, se acercaba el final del torneo y se mantenía próximo a las plazas de descenso. Aunque sumó tan solo 40 puntos, a fuerza de un Andrés Montenegro imparable que marcó 18 goles en la temporada, a través de un partido desempate contra San Telmo condenó a su rival a jugar la promoción y logró conservar la categoría.
La temporada 2009-10 y la 2010-11 siguieron lo que sería una constante en los siguientes años, campañas agónicas, sumando muchos puntos en las segundas partes de torneo, para escaparle al fantasma del descenso. La 2011-12 dejó a Flandria en una posición más holgada, quedando a tan solo 5 puntos del reducido y tomando un poco de distancia de la zona caliente de descenso.
La siguiente temporada (2012-13), la buena sumatoria de puntos lograda en la temporada anterior le permitió al Club tener cierta tranquilidad, y a pesar de navegar en la parte baja de la tabla, se mantuvo lejos de la zona caliente del descenso. Terminó 15° en la tabla con 48 puntos (12 PG, 12 PE, 16 PP) y 13° de 21 equipos en la tabla de promedios. Al finalizar dicha temporada, el club firmó un convenio hasta 2016 de intercambio de jugadores con el Club Atlético Lanús. A través de ella arribaron al club prometedores jugadores que habían disputado partidos en Primera División en su club de origen pero que llegaban en busca de continuidad.
La temporada 2013-14 fue la portadora de malas noticias. El tan temido descenso llegó a tocar la puerta, luego de sumar tan solo 35 puntos en 40 partidos, de cambiar 4 técnicos en una sola temporada, con una primera mitad de competición muy mala, cosechando una gran cantidad de derrotas y goles en contra. Muestra de la situación de la temporada es que de 40 encuentros, solo logró sumar 7 victorias. La llegada de Pedro Monzón en el ecuador de la Competición no pudo revertir el mal momento y el 17 de mayo de 2014 quedó decretado el descenso a la Primera C tras 16 años en la Primera B Metropolitana perdiendo por 1 a 0 ante la UAI Urquiza en la anteúltima fecha de la temporada.
Tras el descenso a la Primera C, se reforzó fuertemente el plantel para retornar a la B de la forma más rápida posible. Inmerso en una reestructuración de las distintas categorías de ascenso, Flandria fue asignado a la Zona B de la Primera C, donde logró buenas performances, permaneciendo en la primera colocación durante gran parte del campeonato, hasta cercano el final, donde San Telmo a base de victorias le arrebató la punta y logró una ventaja de 4 puntos a dos fechas del final. En una remontada heroica y luego de dos victorias consecutivas, Flandria consiguió forzar un partido desempate ante el Candombero, en cancha de Defensa y Justicia. El partido finalizó 3 a 1 con una actuación determinante del gran ídolo Canario, Andrés Montenegro, que convirtió el segundo gol de chilena. Esta victoria significó el retorno de Flandria a la Primera B Metropolitana.
En su retorno a la Primera B, disputó el Campeonato de 2015 terminando en 11° colocación con 54 puntos, con 13 PG, 15 PE y 14 PP, a tres unidades del último peldaño de acceso al Reducido, ocupando por Platense. Este puntaje le permite también alcanzar el cómodo puesto 11° entre 22 equipos en la tabla de promedios para el descenso. El Torneo de Transición 2016 encuentra al conjunto canario disputando desde un comienzo los puestos de vanguardia, ganando los 3 primeros partidos disputados como local. Una derrota en el Carlos V ante Deportivo Español disminuye las expectativas, pero tres encuentros sin perder con dos triunfos lo mantienen en un espectante 3° lugar detrás de Colegiales (que sería su próximo rival) y Fénix. La derrota 2-1 en el final del partido ante el elenco de Munro (luego de ir ganando 0-1) ponía una distancia de 8 unidades entre el canario y la punta del torneo, quedando 8 partidos en disputa. Ayudado por la merma de Colegiales y con la contundente cifra de 5 partidos ganados y 2 empates en 7 partidos (con solo 1 gol recibido) llega a la última fecha con la chance histórica de ascender por primera vez a la Primera B Nacional y por segunda vez (tras 44 años) a la segunda división del fútbol de AFA. El 12 de junio de 2016 Flandria empata contra Atlanta 0-0 en Villa Crespo y logra el histórico ascenso a la Primera B Nacional.
Ya en la "B" Nacional Flandria se mantiene en esta divisional por espacio de dos temporadas, en la primera de ellas (2016/2017) tras una primera rueda regular (7-5-10) y 26 pts, tiene una gran reacción en la segunda etapa del certamen y mantiene su máximo invicto histórico al totalizar 17 partidos sin derrotas (8-9-0), cayendo el mismo ante el campeón del torneo Argentinos Jrs por 0 - 1 (gol del seleccionado "Nico" González) en el mismísimo Carlos V. El final de campaña encontrará al "Canario" en el puesto 14º dentro de 23 equipos con 56 pts realizados en 44 fechas (13-17-14), estando a escasos 4 puntos de la clasificación al Octogonal por el segundo ascenso y salvándose del descenso (objetivo inicial del club) a 4 fechas antes de finalizar la temporada, ganando además como visitante en canchas difíciles (Instituto de Córdoba - Gimnasia de Jujuy y trayendo empates que merecieron ser más contra Independiente Rivadavia de Mendoza, Boca Unidos de Corrientes, Santamarina etc), mientras que de local en Jáuregui tuvo partidos brillantes como fueron las goleadas a Independiente Rivadavia de Mendoza 3 a 0, Juventud Unida de Gualeguaychú 4 a 1, Gimnasia de Jujuy y Ctral Córdoba de Santiago del Estero ambos por 2 a 0. En el equipo de la dupla Orsi-Gómez se destacó por ser un plantel largo en la segunda ronda con refuerzos que le cambiaron a mitad de temporada la cara al equipo (Sebastián Matos y "Paqui" Costa), a lo que se le afianzó un seguro Leonardo Griffo en el arco, una dupla central muy confiable como Gabriel Díaz y Williams Riveros, un mediocampo muy batallador y rendidor como Mauro Bellone, Alejandro Altuna, el "Perrito" González y delanteros picantes como Ramiro Fergonzi, Sebastián Bueno entre otros.
Con un éxodo natural de jugadores por el muy buen rendimiento del torneo anterior ("Gaby" Díaz a Ferro / "Paqui" Costa a Nacional de Paraguay / Williams Riveros a Barcelona de Ecuador / Sebastián Bueno a Jaguares de Colombia / Ramiro Fergonzi a Mitre de Santiago del Estero y Patriotas de Colombia) y muchas bajas importantes más Flandria no pudo repetir lo de la temporada anterior por lo que terminó descendiendo en un año que la AFA dispuso 6 descensos (mucho para un club de pueblo que batalló con grandes e históricos de la categoría y clubes provincia, (que cuentan con un presupuesto infinitamente mayor), fue así que ocupó el puesto 24º dentro de 25 clubes (5-9-10), torneo de una sola rueda y regresó a la "B" Metropolitana sumando apenas 24 pts en igual cantidad de juegos. Sin embargo en este torneo el "Canario" tuvo "perlitas" como el empate 3 a 3 ante San Martín de Tucumán, la victorias ante Quilmes 2 a 0 y ante Chicago 5 a 2 (como visitante) y un empate en el Estadio Mundialista de Mar del Plata que mereció ser triunfo ante Aldosivi 2 a 2. La figura destacada de ese plantel fue el delantero Luciano Pons máximo artillero del equipo.
Con la reestructuración que hizo AFA y el ascenso en masa de equipos a la categoría superior Flandria quedó en una divisional un tanto "descafeinada" donde la entidad de Jáuregui, pese a tener dos campañas regulares, se afianzó sin embargo como uno de los grandes de la categoría (junto a Los Andes y Talleres RE). En la 2018/2019 entró 11º con 50 pts lejos de los punteros (12-14-12). En la 2019/2021 tuvo otro torneo irregular con 39 pts en 30 partidos (8-15-7). Este torneo fue atípico y se tuvo que re acondicionar los partidos por la pandemia Mundial que azotó a todo el planeta.
Pero el regreso a la normalidad de los torneos (pese a que se debió jugar casi todo el año a puertas cerradas y sin público) Flandria (bajo el comando técnico de Andrés Montenegro) se encontró con un muy buen torneo Apertura, el cual ganó Colegiales con 31 pts y Flandria ocupó el 5º puesto con 27 unidades (8-3-5).
Ya en el Clausura cuando todo parecía que Colegiales lograría el torneo y por ende el ascenso directo, Flandria en el 2º lugar y de gran torneo quedaba a 4 pts sobre 12 en disputa, pero un triunfo ante la entidad de Munro por 2 a 0 en Jáuregui lo puso a una unidad de distancia. Las tres últimas jornadas fueron palo y palo porque Flandria triunfó en todos sus compromisos (4 a 0 ante Fénix en cancha de Dep Merlo, luego 1 a 0 ante Def Unidos en Jáuregui y por el mismo marcador en la última jornada llega al partido decisivo ganando en Berisso ante Villa San Carlos (gol de Nouet), mientras que Colegiales con un triunfo y un empate (ante Acassuso) caía en la última pelota del partido como local ante Sacachispas por 1 a 0. Estos resultados no solo daban la obtención del título Clausura a Flandria sino que además por diferencia de gol logra el primer puesto en la clasificación general con 61 puntos definiendo el ascenso en el ida y vuelta por tener mejor diferencia de gol cerrando la serie en el Carlos V.
En la primera final "Cole" venció 1 a 0 en un resultado que fue corto por lo que se vio dentro de la cancha, pero la paridad de ambos equipos era tal que siempre se produjo el mismo resultado ganando siempre el locatario sus partidos (ambos 2 a 0). Ya en el partido de revancha y definición del título ante una multitud que literalmente dejó pequeñísimo el Carlos V, el club anunció las entradas agotadas a 4 días del partido. Con 7.000 almas canarias en el estadio el partido se encaminaba al empate en cero en un partido friccionado y jugado con muchos nervios. Luego de muchas interrupciones por cambios, lesiones y simplemente "tiempo" (lo lógico que hace cualquier equipo que está en ganancia) el árbitro del partido Sebastián Zunino adiciona 8 min de tiempo extra (pese a que el partido visto más tarde se evidenció que estuvo parado por 13 largos minutos) y cuando ya todo era anarquía y un equipo visitante "atrincherado" en su área rechazando cada balón que llegaba cerca de su arco, un centro de Andrés Camacho desde la derecha al segundo palo encuentra la cabeza de Franco Tissera quién aprovecha su altura y la mala salida del arquero Báez para estampar el 1 a 0 a los 52 min y 11 seg exactos de los 53 que se iban a jugar. Con el agónico gol no hubo tiempo para más porque tras los festejos y el grito ensordecedor de los 7.000 hinchas del local el árbitro pitó el final y todo se definiría desde el punto penal.
La definición de la pena máxima fue un lógico tema de angustia para uno y otro equipo. Flandria inició la serie con un penal atajado por Báez a Matías Nouet, pero todo seguiría igual tras el primer disparo de Colegiales que Camacho envía por arriba del horizontal. Flandria llegaría al quinto penal con opción de ascender (ya que la visita dilapida el tercer disparo con la contención del "Monito" Lungarzo al defensor Thiago Luna), pero Flandria a través del juvenil Julián Marchio (figura del equipo en la temporada) marra el envío definitorio y hace que la serie de penales se extienda a 8 ejecuciones por bando, hasta que luego del sexto convertido por otro canterano (Julián Pesco Ford), Lungarzo contiene a Diego Magallanes para darle de esta manera el segundo ascenso a la "B" Nacional en su vida al "Canario" quién una vez más viajará por las provincias del país.
En un plantel largo y parejo se destacaron: el arquero Juan Manuel Lungarzo, los centrales Andrés Camacho y la aparición del juvenil Julián Marchio, los volantes Enzo Trinidad, Francisco Solé, Matías Nouet y el delantero Lautaro Gordillo. Tan largo fue el equipo de Flandria que sufrió 3 roturas de ligamentos cruzados dentro de su plantel y el equipo jamás se resintió. Flandria coronó el título tras jugar 34 partidos ganar 19, empatar 7 y perder apenas 8 encuentros, además de ser el máximo anotador de la temporada (56). Entre sus victorias más importantes se destaca el 7 a 2 ante Argentino de Quilmes en Jáuregui con 5 goles de Lautaro Gordillo convirtiéndose en el jugador de Flandria que más goles ha hecho en un solo partido, pese a que fue reemplazado a los 20 del st) y las otras goleadas: ante Fénix y Armenio ambas por 4 a 0 y Cañuelas 4 a 2.