A principios del siglo XX, la actividad misionera de los Hermanos Franciscanos  de Propaganda Fide continuaba con la evangelización, como lo hacían desde su llegada a Salta, en 1856. Fueron los franciscanos quienes, en noviembre de 1915, impulsaron a Enrique Gaggini, guardián del convento de San Francisco, presentar ante el Obispo Gregorio Romero un proyecto: un centro de recreación y actividades para los jóvenes, de ambos sexos, como complemento a la labor de evangelización que estaban haciendo, pero principalmente como una forma más eficaz de ayudarlos a ocupar su tiempo de una manera correcta para su formación y para el bien de la sociedad.

El Obispo Romero dio la venia el 29 de Noviembre de 1915, y siete días más tarde llegó oficialmente, desde Roma, escrito en latín clásico y con carácter obligatorio, el Acta de Fundación del Centro Juventud Antoniana. Sólo faltaba reunir a todos aquellos que se sintieran impulsados a fundar el Centro. El día llegó cuando un grupo de jóvenes se juntó con los franciscanos, y en conjunto se realizó la primera reunión, la noche del 12 de enero de 1916. Aquella reunión fue presidida por el Ingeniero José Alfonso Peralta , secundado por jóvenes deportistas, y junto a los franciscanos.

Primera Comisión Directiva
Presidente: Ingeniero Mariano José Francisco Alfonso Peralta Sylvester
Vicepresidente: Juan Carlos García
Secretario: Vicente Peralta
Vocales: Jorge Isidoro García y Jorge Eckart

El Centro Juventud Antoniana funcionó en sus comienzos como un centro de bailes tradicionales y teatro , entre otras actividades. El fútbol , deporte cuya práctica crecía en todo el territorio argentino, fue incorporado de manera inevitable. En 1917 la Comisión directiva del Centro encabezada por Benjamín Sosa fundó el Club Atlético Juvenil Antoniano y casi un año después, el 2 de marzo de 1918 eligió a Jorge González cómo el primer presidente que actuaría en cierta forma autónoma de la dirección del Centro.Los años pasaron, las autoridades del Club y del Centro se mezclaban, hasta que finalmente las entidades se confundieron y se fusionaron, quedando simplemente el nombre original.

Los primeros partidos de fútbol que jugó el Club carecían de un rival ajeno a la institución, los equipos se formaban con jóvenes que concurrían al Centro. El primer enfrentamiento de fútbol de Juventud Antoniana se realiza en Jujuy en 1919 frente a un combinado de esa provincia. Finalmente el 25 de febrero de 1922 la Liga Salteña de fútbol autoriza su incorporación a los torneos que organizaba.

El primer campeonato oficial de la Liga Salteña de Fútbol el Santo lo gana en 1928, repitiendo este galardón en 20 oportunidades. En los viejos y ya desaparecidos torneos “Confraternidad del Fútbol”, que en forma conjunta hacían disputar las ligas de fútbol de Salta y Jujuy, Juventud se coronó campeón en 4 oportunidades, siendo el equipo que más torneos ganó.
En los Campeonatos Nacionales creados en 1967, que eran equivalentes a lo que hoy es la primera división del fútbol argentino, Juventud Antoniana estuvo presente en 6 ocasiones.

Clásicos: Central Norte, Gimnasia y Tiro