Jonathan Moreira realizó inferiores en el Club Atlético San Lorenzo de Almagro. Tras aquel paso formativo recaló en Deportivo Español, con el que jugo la Primera B Metropolitana.
Emigró al fútbol mexicano poco después, para desempeñarse en el Club Reboceros de la Piedad. Retornó al país para unirse a Rivadavia de Lincoln en el Federal B, categoría en la que vistió también la camiseta de Chicago de Bariloche. A nivel de ligas regionales militó en La Catedral Fútbol Club, mientras que se unió a Cruz del Sur de Bariloche para disputar el Regional Amateur.